已被北大中文核心、中國科技核心期刊（CSCI）、中國社會科學(xué)引文索引（CSSCI）擴(kuò)展版、中國科學(xué)引文數(shù)據(jù)庫（CSCD）擴(kuò)展版、日本科學(xué)技術(shù)振興機構(gòu)數(shù)據(jù)庫（JST）等國內(nèi)外多種知名檢索系統(tǒng)收錄。2021、2022年連續(xù)兩年入選“中國國際影響力優(yōu)秀學(xué)術(shù)期刊”。目前《中國科學(xué)基金》在中國學(xué)術(shù)期刊影響因子年報統(tǒng)計期刊復(fù)合影響因子為2.712；在中國科技核心期刊（CSCI）統(tǒng)計影響因子為1.712，在“自然科學(xué)綜合”類學(xué)科排名第3位。