1992年和1996年，中華醫學雜志分別榮獲首屆和第二屆全國優秀科技期刊一等獎;1999年榮獲首屆國家期刊獎;2003年榮獲第二屆國家期刊獎,2005年榮獲第三屆國家期刊獎，連續數年榮獲中國百種杰出學術期刊稱號。自獎項創辦以來，連續數年被中國學術文獻國際評價研究中心評為“中國最具國際影響力學術期刊”，連續數年被中國期刊協會評為“期刊數字影響力100強”期刊。2019年，值中華人民共和國成立70周年之際，中國期刊協會向中華醫學雜志頒發“致敬創刊七十年”榮譽證書。

　　在國際上，中華醫學雜志于1920年被美國Chemical Abstract收錄，1927年起就被美國醫學會Quarterly Cumulative Index Medicus收錄，是中國最早被國外醫學索引收錄的中文版醫學期刊;1960年起被美國國立醫學圖書館出版的Index Medicus收錄,其后被該館的聯機檢索系統Medline/Pubmed收錄;1976年起被荷蘭Excepta Medica數據庫收錄;2004年起被俄羅斯Реферативный Журнал—РЖ收錄。目前被國內外35個數據庫和檢索系統收錄，并與60多個國家和地區的相關刊物建立了長期交換關系。

　　MEDLINE/PubMed聯機檢索系統 　　　　　　　　　荷蘭醫學文摘( EMBASE)　　　　　　　　　　　　美國化學文摘 (CA)

　　美國生物學文摘( BA)　　　　　　　　　　　　俄羅斯文摘雜志( РЖ )　　　Article First(OCLC聯機檢索數據庫)

　　ARTICLE@INIST(法國科技情報研究所文摘庫)　　美國癌癥數據庫( CancerLit)　　美國毒理學文獻數據庫( TOXLINE)

　　美國艾滋病文獻數據庫( AIDSLINE)　　　　　　中國科學引文數據庫( CSCD) 　中國科技論文與引文數據庫( CSTPCD)

　　中國學術期刊綜合評價數據庫 (CAJCED)　　　　　中國生物醫學文獻數據庫 (CBMdisc)　　　　　　中國藥學文摘( CPA)

　　中國生物醫學期刊引文查詢系統 (CMCI)　　　　　中國學術期刊文摘　　　　　　　　中文生物醫學期刊文獻數據庫 (CMCC)

　　萬方數字化期刊全文數據庫　　　　　　　　　　　維普科技期刊全文數據庫　　　　　　　中文科持資料目錄 (醫藥衛生)

　　中文科技資料目錄 (中草藥)　　　　　　　　　　中國生物學文摘 　　　　　　　　　　全國報刊索引(自然科學技術版)

　　中國期刊網、中國學術期刊(光盤版)全文數據庫 (CNKI)

　　中國醫學文摘 (基礎醫學、內科學、外科學、腫瘤學、皮膚科學、衛生學、放射診斷、檢驗與臨床、兒科學、眼科學、口腔醫學、計劃生育和婦產科學)