《安徽醫科大學學報》是安徽醫科大學主辦的醫學綜合類學術期刊。主要刊登醫學科研、醫療成果和進展的學術性期刊，國內外公開發行。主辦單位為安徽醫科大學，主管單位為安徽省教育廳。現任主編是著名內分泌與代謝學專家翁建平教授。

　　《東南醫刊》和《新醫藥》時期 民國十六年(1927年)4月出版《東南醫刊》，至民國二十三年(1934年)與中華民國醫藥學會會志及社會醫報三志合刊發行，定名《新醫藥》，月刊。發起人：陳方之和校董汪企張先生。抗戰后期中斷。

　　《安徽醫學院院刊》時期 1955年6月1日，主辦醫學學術性期刊《安徽醫學院院刊》，為內部資料。當期由院黨委書記李廣濤同志致發刊詞。由江晦鳴同志在院領導的關心支持下籌建編輯室并主持工作，當年共出版2期。1956 年出版了1-2兩期合刊(總第3期)，后中斷。

　　《安醫學報》時期 1958年，經安徽省委宣傳部批準成立了《安醫學報》，定為季刊，當年為第1卷。第1期由黨委書記陳韌同志致發刊詞。至1964年共出版了7卷30期(其間1960年為雙月刊)。1965年停刊。

　　《安徽醫學》時期 1972年復刊，更名為《安徽醫學》，季刊。學報編輯室更名為學報編輯組，隸屬黨委辦公室，由朱光華同志負責。至1973年兩年共出版10期(其中每年1期增刊)。

　　《安醫學報》時期 1974年，該刊恢復《安醫學報》刊名，并從郵局向全國發行，郵發代號：26-36。1974年-1976年為季刊，1977年-1980年為雙月刊，最高發行量達10500冊/期 ，負責人為余士鯤組長。1979年，《安醫學報》編委會成立，史敏言同志任主任委員，江晦鳴同志編輯部任主任。 1974-1980年間，學報編輯部還編輯出版了《臨床藥理20講》、《臨床生化20講》、《中西醫結合治療燒傷》、《免疫學基礎與臨床》等叢書。

　　《安徽醫學院學報》時期 1981年，經安徽省新聞出版局批準，更名為《安徽醫學院學報》(安徽省報刊登記證第051號)，季刊。1984年底，學校調整編委會，許建平同志任主任委員，徐叔云同志任副主任委員兼編輯部主任。

　　《安徽醫科大學學報》時期 1985年，我校改為安徽醫科大學，該刊更名為《安徽醫科大學學報》，徐叔云同志任編委會主任委員。1988年報刊重新登記，該刊國內統一刊號：CN34-1065,主編為龔西瑜同志。1990年，學報調整編委會，徐叔云同志任主任委員兼主編,1992年，黃河勝同志任編輯部主任，1995年學報改為雙月刊。2001年學校設立出版中心，負責編輯、管理和指導安徽醫科大學各期刊的編輯出版工作，黃河勝同志任主任,出版中心由校長直屬管理，《安徽醫科大學學報》是該中心主要雜志之一，張學軍同志任學報編委會主任兼主編，出版中心副主任孫勇負責《安徽醫科大學學報》的編輯出版工作。2009年，出版中心副主任夏青同志負責《安徽醫科大學學報》的編輯出版工作，2011年改為月刊。2014年，曹云霞教授任學報編委會主編。2023年，夏青同志任出版中心主任。2024年，著名內分泌與代謝學專家翁建平任學報編委會主編，夏青同志任專職副主編兼編輯部主任。

　　《安徽醫科大學學報》近十年獲獎情況：2013獲年華東地區優秀期刊，2016年獲中國高校編輯出版質量優秀科技期刊，2017年獲第六屆華東地區優秀期刊獎、安徽省優秀高校學報，2018年獲“十佳皖版期刊”和年度中國高校優秀科技期刊，2019—2020年度安徽省優秀期刊、華東地區優秀欄目，2022年“基礎醫學研究”欄目被安徽省新聞出版局評為“精品欄目”(2017年9月—2022年9月年度)，2021-—2024年被“科技期刊世界影響力指數(WJCI)報告”收錄(Q3區)，2018—2022年度入選中國高校科技期刊建設示范案例庫•優秀科技期刊，2023年，由省委宣傳部、省教育廳、省科技廳、省科協聯合開展首屆安徽省科技期刊“十佳”系列評選為“十佳科技期刊”，2024年“基礎醫學研究”欄目獲評第七屆華東地區期刊“優秀欄目”。

　　《安徽醫科大學學報》的數據庫收錄情況 本刊被美國《化學文摘(網絡版)》 、波蘭《哥白尼索引》、美國《劍橋科學文摘社生命科學文摘數據庫》、美國《劍橋科學文摘社ProQeust數據庫》、《農業文摘數據庫》、《全球公共衛生數據庫》、中國醫學文摘、中國藥學文摘、中國生物學文摘、中文科技資料目錄、CSTA、CD-CMCC、西太平洋地區醫學索引數據庫、Abstracts of Chinese Medicine、中國學術期刊光盤版、中國知網、中國生物醫學文獻數據庫、Google“學術搜索 ”、維普數據庫、中文科技期刊數據庫、萬方數據庫等20多種國內外檢索期刊和數據收錄。為中國科技論文統計源期刊、2004年—中文核心期刊要目總覽期刊。