2021年版中國知網文獻計量數據，《上海海洋大學學報》綜合排名位列第6。同比2020年上升了2位，首次進入Q1區。

　　《上海海洋大學學報》作為文獻源被《化學文獻》(CA)、俄羅斯《文摘雜志》(AJ,VINITI)、日本《CBST 科學技術文獻速報》、《日本科學技術振興機構中國文獻數據庫》、《水科學和漁業文摘》(ASFA)、《中國科學引文數據庫(CSCD)》、《中國生物學文摘》、《中國水產文摘》等眾多國內外檢索期刊收錄。

　　《上海海洋大學學報》被北京大學圖書館定為“中文核心期刊”、被中國科學院文獻情報中心定為“中國科學引文數據庫(CSCD)核心期刊”、被中國科學技術信息研究所定為“中國科技核心期刊”。

　　2006年，《上海海洋大學學報》榮獲教育部科學技術司頒發的“首屆中國高校優秀期刊獎”;2013年、2014年連續兩年獲得教育部科技發展中心頒發的“中國科技論文在線優秀期刊”二等獎;2014年榮獲教育部科學技術司頒發的“第五屆中國高校優秀期刊獎” ;2018年獲“中國高校科技期刊研究會2018年度高校優秀科技期刊獎” “第三屆上海市高校優秀科技期刊獎”;連續多年入選“上海高等教育高水平學術期刊建設支持計劃”;2020年獲得“中國高校百佳科技期刊獎”;2021年獲得“第四屆上海市高校精品科技期刊獎”;2022年獲得“中國高校百佳科技期刊獎”;獲得“中國水產學會期刊分會優秀期刊獎”。