《濟南大學學報(自然科學版)》為全國中文核心期刊(《中文核心期刊要目總覽》2008、2011、2014、2017、2020、2023年版)，中國科技核心期刊(CSTPCD 2007—2023年版)，中國核心學術期刊(RCCSE 2009—2020年版);獲中國高校優秀科技期刊獎(2010、2012、2016、2018、2020、2022年)，中國高校科技期刊優秀編輯出版質量獎(2004、2009年)，中國高校科技期刊優秀團隊(2017、2019年)。

　　《濟南大學學報(自然科學版)》還是《中國無機分析化學文摘》、《中國化學化工文摘》、《中國化學文摘數據庫》、俄羅斯《文摘雜志》(AJ)、美國《化學文摘》(CA)等國內外重要檢索期刊，是中國學術期刊綜合評價數據庫來源期刊、萬方數據(China Info)系統科技期刊群、《中國學術期刊》(光盤版)首批入編期刊。