1959年 六月學校第一期學報《南京中醫學院學報》出版發行。學報是在原《學習通訊》的基礎上發展起來的。《學習通訊》原名《針灸學習通訊》，創刊于1956年春季，當時是專為院外針灸教學而辦的。1957年春更名為《學習通訊》，它的讀者對象擴大到函授進修教學方面。

　　1960年 二月本月我院學報編印了一期《臨床經驗匯編》專刊，作為向黨代會的獻禮。專刊匯編了附院內科、兒科、外痔科、眼科、推拿傷科、針灸科臨床經驗文章38篇。

　　1979年 一月13日省教育衛生辦公室批復：同意我院創辦《南京中醫學院學報》，內部發行。

　　1984年 九月29日省科委同意《南京中醫學院學報》由內部刊物調整為限國內發行的正式刊物。

　　1987年我院學報編輯室1987年度工作總結，學報發行量由1986年的390份，上升至千余份。

　　1989年學報編輯室進行1989年工作總結。1989年訂戶有381戶，437冊；贈送、交換610冊，共發行1047冊。上半年獲全省高校自然科學學報編輯質量三等獎；下半年參加全國高等醫藥院校學報質量評比，獲優秀學報三等獎。

　　1993年 九月14日我院申請《南京中醫學院學報》自1994年起改為雙月刊（注：1994年起即改為雙月刊）。

　　1995年

　　一月 18日學報編輯室由中醫藥文獻研究所劃出，隸屬科研處。

　　三月《南京中醫學院學報》正式更名為《南京中醫藥大學學報》。

　　九月6日省教委通報高校自然科學學報系統“三優”評比結果：我校學報為優秀學報，范欣生、許志泉為優秀編輯工作者。

　　1997年 十月本月江蘇省新聞出版局、江蘇省科技委員會和江蘇省期刊協會對全省291種期刊進行了質量評估分級。我校《南京中醫藥大學學報》被評為優秀期刊、一級期刊，并獲封面設計獎。

　　1998年

　　一月 18日根據學校發展需要，校領導研究決定原科研處學報編輯部由科級機構升格為副處級機構，歸屬科研處管理。

　　十月9日南京中醫藥大學學報被江蘇省新聞出版局、江蘇省科技委員會評為“江蘇省優秀期刊”。

　　1999年

　　五月4日《南京中醫藥大學學報》在1999年江蘇省普通高校優秀自然科學學報評比中獲二等獎。

　　六月本月《南京中醫藥大學學報》社會科學版獲得國家中醫藥管理局出版許可。

　　七月本月在第三屆江蘇省期刊評優和質量評估分級活動中，《南京中醫藥大學學報》被評為江蘇省優秀期刊、一級期刊。

　　2000年我校學報社科版今年加入中國學術期刊光盤版并獲得中國學術期刊（光盤版）、《CAJ-CDG規范》優秀獎。1名編輯被評為江蘇省教委學報優秀編輯。

　　2002年十二月本月我校學報（自然科學版）被評為首屆江蘇期刊方陣第一層面及雙十佳期刊。

　　2006年十二月本月經教育部科技司組織專家評審，《南京中醫藥大學學報》榮獲首屆中國高校優秀科技期刊獎。

　　2008年三月15日在江蘇省新聞出版局舉辦的“第六屆全省期刊質量評估定級工作及江蘇省優秀期刊評選”活動中，《南京中醫藥大學學報》（自然科學版）被評為優秀期刊。

　　2008年十二月本月根據《中文核心期刊要目總覽》編委會通知，《南京中醫藥大學學報》入編《中文核心期刊要目總覽》2008年版。同時，《南京中醫藥大學學報》編輯部還被評為“2008年高校科技期刊先進集體”。

　　2009年

　　三月本月《南京中醫藥大學學報》再次被收入為”中國科學引文數據庫來源期刊”，有效期：2009～2010年，證書編號：CSCD2009E07E-0516。

　　十一月本月《南京中醫藥大學學報》在2009年華東地區優秀期刊評選中榮獲第四屆華東地區優秀期刊獎。

　　2010年十月 27日全國高等學校文科學報研究會于2010年4月至7月開展了第四屆全國高校社科期刊評優活動。經教育部社會科學司同意，《南京中醫藥大學學報（社會科學版）》“中醫文化”專欄被總評委員會評為特色欄目。

　　2011年十二月本月根據《中文核心期刊要目總覽》編委會通知，《南京中醫藥大學學報》入編《中文核心期刊要目總覽》2008年版。同時，學報網站還被評為首屆中國高校科技期刊優秀網站。

　　2012年 十一月中國高校學報研究會于8月至9月開展了第四屆中國高校優秀科技期刊評比活動，經教育部科學技術司同意，《南京中醫藥大學學報》被評為“第四屆中國高校優秀科技期刊獎”。

　　2014年

　　九月經中國精品科技期刊（國家科技部中國信息技術研究所）遴選指標體系綜合評價，《南京中醫藥大學學報》（自然科學版）入選 “第3屆中國精品科技期刊”，即“中國精品科技期刊頂尖學術論文（F5000）”項目來源期刊。有效期從2014年9月至2017年12月。

　　十月《南京中醫藥大學學報》榮獲第五屆中國高校優秀科技期刊獎。

　　十二月《南京中醫藥大學學報》再一次入編《中文核心要目總覽》2014年版。在中國醫學類目中排名第14。

　　2015年 一月在江蘇省科技期刊學會主辦的第六屆江蘇科技期刊"金馬獎"評選活動中,《南京中醫藥大學學報》榮獲“特色期刊獎”。

　　十二月《南京中醫藥大學學報》在江蘇省新聞出版廣電局組織的江蘇省科技類學術期刊出版質量綜合評估工作中，綜合評估得分為84.855分。在參評的43種醫藥、衛生類期刊中排名第2，在參評的39種大學學報類期刊中排名第5，在參評的222種科技類學術期刊中排名第17。

　　2016年 十月按照2016年度中國高校杰出·百佳·優秀科技期刊遴選方案，經中國高校科技期刊研究會常務理事會議審定，共選出中國高校杰出科技期刊20種（其中英文科技期刊10種）、中國高校百佳科技期刊104種、中國高校優秀科技期刊254種。《南京中醫藥大學學報》被評為中國高校百佳科技期刊。

　　十二月在江蘇省科技期刊學會主辦的第七屆江蘇科技期刊“金馬獎”評選活動中,《南京中醫藥大學學報》榮獲“十佳特色期刊獎”“十佳期刊設計獎”。

　　2017年 十月 《南京中醫藥大學學報》在2017年華東地區優秀期刊評選中獲得第六屆華東地區優秀期刊獎。

　　十二月《南京中醫藥大學學報》的“實驗欄目”專欄在2017年度江蘇期刊“明珠獎”（特色欄目、優秀策劃）推薦評選活動中被評為特色欄目。

　　2018年 九月《南京中醫藥大學學報》入選《中文核心期刊要目總覽》2017年版（第8版）“中國醫學類”核心期刊，這是我校學報繼2008年以來連續第4次入選北大中文核心期刊。

　　十月中國高校科技期刊研究會正式公布了2018年度中國高校杰出·百佳·優秀科技期刊的評選結果，從全國1600多種高校科技期刊中，共評選出“中國高校杰出科技期刊”24種，“中國高校百佳科技期刊”120種，“中國高校優秀科技期刊”238種。《南京中醫藥大學學報》入選“中國高校百佳科技期刊”。

　　十一月中國社會科學評價研究院于11月16日在“第五屆全國人文社科高峰論壇暨期刊評價會”上發布《中國人文社科學期刊AMI綜合評價報告（2018年）》，《南京中醫藥大學學報（社會科學版）》進入了中國人文社會科學期刊評價報告（AMI）擴展版。

　　2019年五月中國科學院文獻情報中心發布了中國科學引文數據庫（CSCD）2019-2020年來源期刊遴選結果，《南京中醫藥大學學報》再次入選CSCD核心庫（CSCD-C）來源期刊。這是學報繼2017年以來連續2次入選CSCD-C來源期刊。

　　九月中華中醫藥學會聯合中國中醫科學院發布了“首個中醫藥科技期刊分級目錄（T1、T2級期刊）”，《南京中醫藥大學學報》位列T2級期刊中醫類（共17種）第1位。

　　十一月《南京中醫藥大學學報（社會科學版）》在2019年第六屆高校社科期刊評優活動中，榮獲“全國高校社科優秀期刊”，《中醫文化》欄目榮獲“全國高校社科期刊特色欄目”。該獎項五年一評，自2009年以來，我刊已連續3次獲此殊榮。

　　2020年六月在報刊出版單位社會效益評價考核工作中，《南京中醫藥大學學報》獲得優秀等級，《南京中醫藥大學學報（社會科學版）》獲得良好等級。

　　十一月江蘇期刊明珠獎評選結果揭曉，《南京中醫藥大學學報》“實驗研究”欄目和《南京中醫藥大學學報（社會科學版）》“中醫文化”欄目榮獲江蘇期刊明珠獎·優秀欄目；“新型冠狀病毒肺炎專欄”及“‘學習習近平總書記關于中醫藥工作的重要論述’主題出版”榮獲江蘇期刊明珠獎·優秀策劃。

　　十二月在第十二屆江蘇省科技期刊“金馬獎”評比中，《南京中醫藥大學學報》榮獲十佳精品期刊獎，這是學報首次獲得該獎項。

　　十二月《南京中醫藥大學學報》入選《世界期刊影響力指數（WJCI）報告（2020科技版）》，首次成為進入“中醫學與中藥學、結合與補充醫學”學科的28本全球期刊之一。

　　2021年 三月 《中文核心期刊要目總覽》2020年版編委會發來通知，《南京中醫藥大學學報》入編《中文核心期刊要目總覽》2020年版（第9版）中國醫學類核心期刊。這是《南京中醫藥大學學報》自2008年首次入選后，連續第5次入選北大中文核心期刊。

　　四月中國科學引文數據庫（CSCD）來源期刊遴選報告（2021-2022年度）公布，《南京中醫藥大學學報》再次入選CSCD核心庫（CSCD-C）來源期刊。這是自2017年以來，學報連續第3次入選CSCD核心庫。

　　十二月江蘇省新聞出版局印發表彰決定，公布第三屆江蘇省新聞出版政府獎獲獎出版物、出版傳媒融合項目、出版單位和出版人物名單。《南京中醫藥大學學報》獲得第三屆江蘇省新聞出版政府獎期刊獎。

　　十二月第七屆華東地區優秀期刊評選結果也于近日正式揭曉，《南京中醫藥大學學報》被評為第七屆華東地區優秀期刊。