《菌物學報》主要刊登我國菌物學（包括真菌、粘菌、卵菌）研究領域在理論上和實踐上的最新研究成果。報道內容包括菌物多樣性、系統分類學、起源與進化、菌物區系地理學、生態學、遺傳學、生理學、生物化學、瀕危菌物物種保護生物學以及食藥用真菌、有毒真菌、真菌毒素、人類病原真菌、植物病原真菌、獸醫真菌、互惠共生菌物等方面的研究論文、簡報和綜述。