本學報榮獲1996年國家教委系統(tǒng)優(yōu)秀科技期刊二等獎和廣東省第二屆優(yōu)秀科學技術期刊二等獎;1999年榮獲全國優(yōu)秀高校自然科學學報及教育部優(yōu)秀科技期刊一等獎，同年獲第二屆廣東省優(yōu)秀高校學報一等獎;2001年榮獲廣東省優(yōu)秀期刊獎和廣東省優(yōu)秀科技期刊一等獎;2004年獲全國高校優(yōu)秀科技期刊二等獎;2006年獲首屆教育部優(yōu)秀科技期刊獎;2008年榮獲第二屆教育部優(yōu)秀科技期刊獎;2009年榮獲2008年度“中國百種杰出學術期刊”和“中國精品科技期刊”稱號;2010年榮獲“中國高校精品科技期刊獎”和“廣東省優(yōu)秀期刊獎”;2011年榮獲“中國精品科技期刊獎”、“廣東省優(yōu)秀科技期刊一等獎”、“中國高校科技期刊優(yōu)秀團隊”和“中國高校科技期刊優(yōu)秀網站”;2012年榮獲“中國高校精品科技期刊獎”;2013年榮獲“中國國際影響力優(yōu)秀學術期刊獎”、“中國高校科技期刊優(yōu)秀網站”;2014年榮獲“中國高校精品科技期刊獎”;2015年榮獲“廣東省精品科技期刊”、“中國高校科技期刊優(yōu)秀網站”;2016年榮獲“中國高校百佳科技期刊”;2017年榮獲“廣東省精品科技期刊”、“中國高校科技期刊優(yōu)秀團隊”; 2018年榮獲“中國高校百佳科技期刊”、“第五屆廣東省品牌期刊”;2021年榮獲“廣東省精品科技期刊”;2022年榮獲“首屆廣東出版政府獎期刊獎“、”中國高校百佳科技期刊“;2024年榮獲“廣東省品牌期刊獎”。