2010年12月，《基因組學與應用生物學》被評為2010年廣西高校優秀學報一等獎。

　　2011年12月，《基因組學與應用生物學》獲得2010-2011年度廣西期刊獎。

　　2014年1月，《基因組學與應用生物學》獲得2012-2013年度廣西期刊獎提名獎。